1、鸭子选材不同。
北方，尤其以北京为最，喜欢选择3公斤左右脂肪丰厚的“鸭苗”，用填灌的方式培育鸭子，这也就是“填鸭”一词的由来。南方的烧鸭喜欢选用生长期26至28天大的幼鸭。
2、选用木料不同。
北方烤鸭讲究用果木，最常见的是梨树和苹果树烤，也有用枣树的。南方烧鸭在烤制过程中多用松枝和松果。
3、调料不同。
北方烤鸭在烤制过程中是不加入调料的，而是在烤制完成后搭配甜面酱、葱段等食用。南方烧鸭则在烧制之初就要塞入绍兴酒、海鲜酱、芝麻酱、蚝油等腌料，吃的时候可以不加蘸料。
4、食用方式不同。
对北方烤鸭而言，鸭子烤好了，先片出一碟鸭皮，再片出一碟鸭肉，最后还有一些带皮肉。南方烧鸭则不需这么繁复的食用程序，直接把鸭子切段，就可以配饭或单独食用。
5、价格不同。
相比二三十元就可以享用的烧鸭，烤鸭动辄百元以上就显得价格不菲。